Nel Santuario di Łagiewniki si trova  uno dei più vecchi cimiteri di Cracovia – il cimitero religioso che proviene dalla fine del XIX-mo secolo, situato in fondo del dell’orto nel terreno appartenente prima  alla Congregazione B. V. Maria della Misericordia. Li riposano i resti mortali delle suore, dei cappellani, delle educande della Casa di Misericordia, e delle persone legate al convento di Łagiewniki. Su questo cimitero i resti mortali di santa Suor Faustina riposavano durante 28 anni. Qui riposa tra gli altri sua superiora generale madre Michela Moraczewska, suor Kaliksta Piekarczyk, la quale ha offerto la sua vita per l’intenzione di salvare la città di Cracovia durante la seconda guerra mondiale ; madre Ksawera Olszamowska che ha offerto la sua vita per l’intenzione di istituire nella Chiesa la Festa della Divina Misericordia e per la diffusione del messaggio della Misericordia, pure altre sorelle che hanno offerto la loro vita in diverse intenzioni. Dalla parte meridionale quel cimitero è situato nella vicinanza della basilica nel Santuario di Łagiewniki e viene spesso visitato dai pellegrini. Dalla parte orientale del cimitero, dietro la basilica, è localizzato il cimitero militare che proviene dal tempo della prima guerra mondiale. Qui non ci sono le tombe sistemate, ma una grande croce, un obelisco con una lapide la quale ci informa  che riposano lì  266 soldati dai 15 paesi dell’Europa. Negli anni della prima guerra mondiale, una parte del terreno è stata occupata da un grande ospedale militare per circa 1000 posti. Li hanno messo pure qualche piccola struttura, dove mettevano, per curare,  i soldati dei vari nazioni, malati di tifo, colera, dissenteria, scarlattina, vaiolo, dunque di malattie contagiose. Nel cimitero dietro il muro del convento sono sepolti i soldati morti nell’ospedale.